自旋轨道耦合(Spin-Orbit Coupling, SOC)常简称旋轨耦合，是一个量子力学概念，描述了粒子的自旋磁矩与其轨道角动量之间相互作用。它的数学表示为： [H_{SOC} = \lambda \mathbf{L} \cdot \mathbf{S}] 其中：$H_{SOC}$是自旋轨道耦合的哈密顿量，$\lambda$ 是耦合常数，$\mathbf{L}$ 是轨道角动量算符，$...

1. 安装Git Git官网链接，下载64位Git，按照安装包提示进行安装。 安装完毕后，在powershell中配置git全局变量 git config --global user.name "bane-dysta" git config --global user.email "banerxmd@gmail.com" 生成ssh密钥 ssh-keygen -t rsa -b 4096...

计算激发态的理论方法很多，上至EOM-CCSD，下至sTDA-xtb，各有特色，不过目前最常用的计算方法还要属TD-DFT。截至目前，ORCA 6.0.0版本仍未支持TD-DFT的解析Hessian，而且在溶剂模型的支持上做的不尽人意，因此当下Gaussian仍然是进行TD-DFT任务最好的软件，也是研究激发态首先应当掌握的软件。总之，本文将简单介绍如何用Gaussian进行TD-DFT水平...

Multiwfn分析功能十分强大，但没有内置渲染功能，且分子不能拖动总觉得差点意思。不过Sobereva老师写了不少结合VMD绘制高质量图像的方法，很大程度弥补了这一缺陷。本文以hole-electron分析为例，记录高度脚本化的Multiwfn+VMD绘制电子-空穴图像的方法。 1. Multiwfn处理 进行空穴分析的命令是： Multiwfn name.fchk < ~/scrp...

Gaussian是最流行的量子化学计算软件，功能涵盖了绝大部分常规任务。且Gaussian的输入文件绝对是所有主流量子化程序中最简洁的，这一点笔者在学过ORCA、Dalton、NMChem等软件后深有体会。因此，Gaussian是入门量子化学应当首先掌握的软件。而几何优化又是所有任务中最基础的任务，绝大多数量子化学计算都要基于几何优化后的结构来进行。总之，这是一个入门级的几何优化教程贴。 0...

数学： 行内公式用单个美元符号：$E=mc^2$ 独立公式块用双美元符号： $$ E = mc^2 $$ 行内公式用单个美元符号：$E=mc^2$ 独立公式块用双美元符号： [E = mc^2] 多行对齐公式使用 \begin{align} 环境： $$ \begin{align} f(x) &= x^2 \\ g(x) &= \frac{1}{x} \end{al...

分子对接是一种计算生物学技术，用于预测两个或多个分子（通常是蛋白质和配体或小分子药物）之间的相互作用方式。流行的分子对接软件有Autodock、Autodock vina、Discovery Studio、glide、rDock、GOLD、LeDock等。笔者是从Autodock入手的，结合ADT的UI界面大致学习了一下如何进行分子对接。起初对接CHNO的有机分子还挺顺利，但开始自己的课题后...

1. 分析方法 NCI分析：JACS,132,6498-6506.一文中提出的可视化研究弱相互作用的方法，又称为RDG方法，需要使用波函数信息进行分析。 IRI分析：Chemistry-Methods,2021,1,231.提出的分析方法，比NCI的优点是可以同时展现弱相互作用和化学键。 IGMH分析：J.Comput.Chem.,2022,43(8),539.提出的将化学体系...

1. 使用复合物能量减去单体能量 适用于分子间氢键，分子内则无法简单相减。计算级别可以选择CCSD(T)等高精度方法。 2. 基于键临界点的电子密度ρBCP估计内氢键键能 Reference: sobereva老师的博文 Atoms-in-molecules (AIM)理论利用氢键的键临界点(BCP)位置的属性考察氢键特征。J. Comput. Chem., 40, 2868 (2019)...

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