💡简介 Tasker是一套Python脚本工具集，用于自动化生成Gaussian计算任务。特性： 处理复杂的任务依赖，按照要求生成输入文件 任务模块化，通过建立模板库轻松设置复杂的计算任务 结合crontab，按照task文件自动进行计算 结合作业调度系统，实现通过调用Multiwfn或运行自定义脚本等方式进行自动后处理 Tasker套件有配套可视化工具Orbital...

💡简介 Orbital Viewer是一个主要由java与python写成的简易轨道查看器，用于提供直观的三维界面来展示和分析轨道，并快速整理计算结果，令使用者可以大致掌握分子的基本信息。 系统要求：目前支持Windows 10及以上版本，Windows 7未测试。Linux理论上可兼容，但作者没有具有图形界面的linux机子来测试。 网络要求：可以本地运行，未来可能设计局域网...

tips：荧光探针的机理很杂很碎，而错误解读又很多，难以分辨。本文记录一下笔者学习过程中对各种基本原理的总结，内容仅供参考，未必完全正确，会随笔者学习理解过程随时更新。 在PartA中，笔者引入了势能面来辅助理解Jablonski图。限于篇幅，笔者把从荧光机理过渡到荧光探针机理的部分放在了PartB。 8 电荷转移：ICT、TICT与PET，以及五花八门的CT机理 普通的有机分子基态...

Gaussian 输入文件： %oldchk=final.chk #p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht) initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission print=(huangrhys,matrix=JK) initial.chk final.chk ...

tips：荧光探针的机理很杂很碎，而错误解读又很多，难以分辨。本文记录一下笔者学习过程中对各种基本原理的总结，内容仅供参考，未必完全正确，会随笔者学习理解过程随时更新。 荧光过程可以用经典的Jablonski图来表示。简单来讲，基态分子可以吸收一个光子跃迁到激发态，随后通过快速内转换和振动弛豫回到第一激发态的最低振动能级，再释放一个光子回到基态。 这个能级图虽然很直观，但是几乎没有描述...

笔者是初学者，理解可能有误，以下内容请慎重相信。 1 Hartree-Fock方法 (HF) Hartree-Fock方法是一种多电子近似方法，核心思想是将复杂的多电子波函数转化为简单的单电子问题，并通过自洽场方法迭代求解波函数和能量。 a. 独立粒子近似 假设电子运动是独立的，即每个电子在其余电子生成的平均场中运动。这样多电子波函数可近似为由一组单电子波函数的线性组合构成，用Slater...

做多参考计算时，活性空间的确定是个麻烦的问题，涉及很多经验性的内容。MOKIT是一个辅助多参考计算的程序，可以通过gvb计算来自动确定活性空间，一定程度上解决了上述问题。 然而，笔者首先在安装时就遇到了问题。MOKIT做gvb计算默认调用GAMESS，做CASSCF计算默认调用pyscf，而这两个程序集群并没有提供，需要手动安装。尤其是GAMESS还要本地编译，这对集群老旧的系统来说就很麻烦...

Theoretical Methods xTB [GFN-FF] GFN2-xTB Bannwarth, C.; Ehlert, S.; Grimme, S. GFN2-xTB—An Accurate and Broadly Parametrized Self-Consistent...

长期以来，笔者一直算不准激发能，还常常遇到用B3LYP、PBE0等泛函算纯LE激发比实验值蓝100nm以上等幽默的问题。不过在探索怎么算准激发能的过程中，笔者也借机学会了一些以前一直不敢碰的计算级别。这里权且记录一下笔者试过的方法备用。 1. 几何优化 笔者通常没有实力拿到单晶去打XRD，因此几何建模一般都是从头搭的。这样就涉及到几何优化的问题了。虽说几何对计算等级不敏感，但一个不留神选了个...

在实验中观察到了奇葩现象，需要通过计算验证形成exciplex的可能性。由于此前半年的学习中一直专注于单分子的计算，在上手exciplex时建模遇到了一些麻烦，作本文聊以记录备忘。 构象搜索 对于团簇或柔性体系，建模是个大麻烦。手动摆的位置很可能优化到局域极小点而非全局极小点，此时就需要molclus结合这些工具来进行构象搜索： 团簇构象搜索：genmer。 分子构象搜索：gen...