估计氢键键能方法
估计氢键键能方法
1. 使用复合物能量减去单体能量
适用于分子间氢键,分子内则无法简单相减。计算级别可以选择CCSD(T)等高精度方法。
2. 基于键临界点的电子密度ρBCP估计内氢键键能
Reference: sobereva老师的博文
Atoms-in-molecules (AIM)理论利用氢键的键临界点(BCP)位置的属性考察氢键特征。J. Comput. Chem., 40, 2868 (2019) 提出了一个用CCSD(T)/jul-cc-pVTZ + counterpoise级别氢键结合能拟合的经验公式:
EHB = -223.08 * ρBCP+0.7423
其中:EHB单位为kcal/mol;ρBCP单位为a.u.。 要使用该公式估计氢键结合能,首先要对优化过的结构,做高精度单点能计算:
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%chk=sp.chk
# B3LYP/gen em=gd3bj geom=allchk
@/path/to/ma-TZVPP.txt
转换为fchk文件:
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formchk sp.chk
启动Multiwfn程序,载入sp_B3LYP.fch:
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Multiwfn sp.fchk
然后依次输入
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2 //拓扑分析
2 //搜索核临界点
3 //用每一对原子的中点搜索临界点
0 //观看临界点
勾选CP labels,在图中查找氢键对应的BCP序号,例:32、43、48。 关掉UI界面,进入功能7,输入32,在输出中找到 Density of all electrons:0.1215691615E-01 输出值即为该氢键对应的ρBCP。将其代入公式
EHB = -223.08 * ρBCP+0.7423
得到EHB为-1.97 kcal/mol。
Reference: 计算分子内氢键键能的几种方法
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